对于功能性便秘，治疗方法首先是进行生活方面的改善，建立科学的饮食习惯，养成良好的排便习惯。比如日常食物多吃蔬菜、水果、高纤维的食物、粗粮等，养成每天定时排便的习惯，每天适度运动。如果通过生活方式的改变，便秘还不能改善，那么可以服用一些药物进行治疗。
治疗便秘的药物比较安全的有渗透性泻药如乳果糖聚乙二醇4000，通过渗透性压的作用增加肠道内水分，促进肠道蠕动。
溶剂性泻药如小麦纤维素，能够增加大便容积，促进肠运动，产生便意。溶剂性泻药和渗透性泻药不被吸收入血，副作用较少，对于有习惯性便秘的患者，可以根据症状使用。
还有一类缓解便秘的药物是刺激、润滑性泻药，如开塞露、比沙可啶，大黄、番泻叶等，此类药物通过刺激肠道，促进大便。
刺激性泻药用来缓解临时便秘症状，不建议长期使用，长期使用容易产生药物依赖，另外大黄、番泻叶等长期使用可能导致大肠黑变病，有癌变可能。