柴胡桂枝干姜汤和小柴胡汤一样，千百年来被古今医家在临床应用得非常广泛，当代著名中医名家胡希恕先生和刘渡舟先生就经常运用它，来治疗疑难杂症，尤其是慢性病的调养，比如慢性肝炎，慢性结肠炎，失眠等疾病。
柴胡桂枝干姜汤出自《伤寒论》第147条：伤寒五六日，已发汗而复下之，胸胁满微结，小便不利，渴而不呕，但头汗出，往来寒热，心烦者，此为未解也。柴胡桂枝干姜汤主之。
当然在临床运用该方，当理解方义，灵活调整药物的用量。临床应用之时，便溏重者，重用干姜，而减轻黄芩用量；口苦重者，加重黄芩用量，而减少干姜用量；乳腺增生，可加重牡蛎的用量，慢性结肠炎，则需要在原方基础上，加山药，白术。若不能掌握药量调整之法，则徒用无益而反受其害，不可不慎。
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