一是原来的科级非领导职务由2个层级增加到4个层级，职级层次翻倍，职级职数也相应增加，意味着公务员可以有更多的晋升机会。
二是原来从副主任科员或副科实职一步到位升任主任科员或正科实职难度相对较大，现在增设了三级主任科员作为过渡，能够“小步快跑”实现职级晋升、工资增长，便于持续激励。
一级主任科员与二级主任科员的区别主要有三点：
一是职级层次不同。
与过去主任科员、副主任科员作对照比较，现在的二级主任科员对应过去的主任科员，四级主任科员对应过去的副主任科员，而新设的一级主任科员其实是介于四级调研员与正科实职之间的职级，三级主任科员是介于二级主任科员与副科实职之间的职级。一级主任科员明显比二级主任科员层级要高，所享受的相应待遇自然也比二级主任科员更高。
二是晋升方向不同。
一级主任科员与二级主任科员虽然均为职级序列，但晋升方向完全不同。一级主任科员退可兼任正科实职，不需要走提拔程序，进可晋升四级调研员。而二级主任科员转任正科实职，属于职务提升，必须走选拔任用程序，最高也只能晋升到一级主任科员。一级主任科员是正科实职与二级主任科员晋升四级调研员的必经之路，但正科实职毕竟是领导职务，在晋升一级主任科员时又比二级主任科员占有先天优势，因此对于市、县、乡镇机关的公务员来说，由二级主任科员晋升到一级主任科员也是道坎，越往基层跨过这道坎的难度越大。
三是生活待遇不同。
虽然职级公务员只能享受所在地区（单位）相应职务层次的工资福利、绩效考核奖、住房医疗、交通补贴、社会保险等生活待遇，但一级主任科员与二级主任科员职级层次不同，包括工资福利在内的生活待遇必然会有区别。目前具体的职级工资标准尚未下发，但从对应的级别来看，一级主任科员比正科实职对应的级别要高，正科实职又比二级主任科员对应的级别要高。如此算下来，一级主任科员比二级主任科员的工资收入必然高不少，沿海发达地区可能会相差上千元，内陆省份也会相差数百元。