书接上文，安定区和各类青铜树和CCG的成员对上，开始了对战。董香碰到了加入青铜树的自家弟弟（雾岛绚都）战败，实际是为了保护姐姐才选择加入的青铜树，后被出来的金木救走。金木把弟弟打了个半死，同时店长还在和ccg高手对战，此时发生了爆炸，店长安定区等人救出之前被关押在这里的自己人全身而退，后金木和董香说他要加入青铜树。
金木加入青铜后，成立了自己的小队，攻占了9区和10
区，为此ccg开了特等会议，另一边安定区开始了平凡的生活，董香选择报考了金木曾经的大学上井大学。真户晓二和亚门在真户坟墓前相遇，并成为了亚门的新搭档，另一边金木又开始了新的任务。。。。
CCG的护送车遭到了金木和询都所率领的青铜树的袭击，并与小黑（安久黑奈）小白（安久黑奈）交手，救出了原来壁虎的小弟–纳基。安定区的董香和雏实得知此次袭击事件和金木有关而感到痛心。雏实为了不给董香添麻烦，她一个人去了金木喜爱的作家，高槻泉的签名会。另一方面，董香前去志愿学校“上井大学”进行参观学习，在那里与金木的好友，永近英良再会了。
亚门和真户去库克利亚（关押c到ss级喰种
的监狱）询问多奈托·普鲁普拉（实为亚门的养父），后遭遇青铜树袭击，释放的大量的喰种，金木去释放神代叉荣（神代利世的养父，为ss级喰种），并闻出金木身上有利世的味道，对其金木出手，同时铃屋什造遇到了黑白奈，同时库克利亚释放了crc瓦斯（可以组织赫子的发动），金木被神代叉荣打到了生活不能自理，后被青铜树首领阻止。
黑白奈与铃屋什造战斗，被铃屋什造杀掉了黑奈，重伤了白奈，询都就与篠原幸纪（穿上了询都父亲赫包做的武器新）战斗，被打的生活不能自理，后被进化的金木赶到，打败了篠原幸纪，并且再次进化，后被亚门看到金木进食武器新，又和金木打起来了，监狱里全部都弥漫了crc，金木被打败，此时独眼之枭降临救走了询都和金木。
青桐树发起对库克利亚的袭击数周后，重复着共食而成为半赫者的“眼罩”金木被CCG认定为SS级喰种。什造幼时被称为Big Madam的喰种诱拐，期间遭受非人虐待，后被白鸽收留，以特例的身份进入CCG伪。安定区依旧平静，董香在图书馆学习时听到了有关金木的传闻。亚门与晓的关系在一次聚餐后，得到了升华。此时CCG组成对枭讨伐队，打算彻底歼灭独眼之枭 。
月山来到了“安定区”，向芳村报告了金木不断地
进行共食并即将成为“赫者”一事。对金木感到担心的雏实，受到月山的邀请而来到某个咖啡厅，在那里与高槻泉再会了。面对谈及有关金木的事情的雏实，高槻将联络方式交给了她，之后便离开了。另一方面，在此时，“安定区”的咖啡店迎来了金木，董香听闻之后追了出去，揍了几拳头，金木并未还手。同时ccg篠原幸纪和铃屋什造造访了安定区咖啡店。
曾经有位名叫功善的喰种。不停地杀死人和喰种的功善度过着孤独的每一天。不久他的能力被收买，开始和某个组织联手，但他的孤独感仍然未能痊愈。此时，功善在自己经常前往的古老咖啡厅遇到了一位名叫忧那的人类女性。两人很快坠入爱河，后来还与人类女孩有了孩子。此时的咖啡店回归了平时平静且热闹的生活。
CCG的和修常吉总议长下达了“枭讨伐作战”的决断。对象所在地是……“安定区”。由于将会演变成大规模作战，被选中的CCG搜查官们被要求写下了遗书，各自面临死地。之后，20区终于被CCG所封锁。“安定区”被枭讨伐部队包围。金木和西尾在天台聊天。月山想拦住金木回去营救安定区，可惜没拦住。
“安定区”与CCG激烈的攻防战还在继续。芳村与筱原
、黑磐，“魔猿”古间圆儿与田中丸望元特等搜查官战斗着。另一方面，与钵川忠准特等搜查官交战的入见萱为了保护没来得及逃走的老婆婆而负伤。即使将普通人卷进来，钵川等人仍然继续攻击，而他们也终于面临死的觉悟 ，金木出现救下了黑狗和魔猿，同时店长身负重伤，到现在青铜树卷了进来。
筱原从枭的攻击之下保护了什造，自己却倒下了。与此同时，
青桐树乱入到与CCG的战斗当中，在青桐兵的猛攻之下，CCG陷入越发不利的形势，有马贵将（特等搜查官半人类）出场了，另一方面，金木与封锁了前往安定区道路的亚门对峙。在双方都毫不退让的战斗中，决战之时终于来临！
决战之际，独眼之枭战败吞下了店长选择了逃跑，另一
边金木也刚经过大战一场，重伤来到了咖啡店，遇到了自己的好朋友永近英良（人类），此时咖啡店着火了，永近昏迷了。金木抱着永近的尸体一步步走过ccg的防线，遇到了有马贵将（特等搜查官），随后大战一触即发…….第二季已经完结，喜欢的朋友一键三连，预知下季如何，请听下章分解