甲硝唑适用于治疗肠道和肠外阿米巴病（如阿米巴肝脓肿、胸膜阿米巴病等）。还可用于治疗阴道滴虫病、小袋虫病和皮肤利什曼病、麦地那龙线虫感染等。目前还广泛用于厌氧菌感染的治疗。如败血症、骨髓炎、腹腔感染、盆腔感染、肺支气管感染、肺炎、鼻窦炎、皮肤蜂窝组织炎、牙周感染及术后伤口感染；用于结肠直肠手术、妇产科手术及口腔手术等的术前预防用药；用于肠道及肠道外阿米巴病、阴道滴虫病、贾第虫病、加得纳菌阴道炎等的治疗；也可作为甲硝唑的替代药用于幽门螺杆菌所致的胃窦炎及消化性溃疡的治疗。
甲硝唑使用时要注意它的禁忌症:对本品或其他硝基咪唑类过敏者禁用。妊娠头3个月者禁用。有活动中枢神经疾病患者禁用。血液病者禁用。
谨慎用药:哺乳期妇女应用本品时应暂停哺乳，并在疗程结束后24～48小时方可重新授乳。肾功能衰竭患者慎用。严重肝功能减退患者慎用。儿童应慎用本品。
甲硝唑与一些药物可以相互作用、相互影响。如果你正在使用其他药物，使用甲硝唑前请务必告知医生，并咨询医生是否能用药，如何用药。