舌苔发黑主要是舌丝状乳头增殖变黑所致。黑苔的色泽，可有棕黑、灰黑、焦黑直到漆黑等深浅不同。黑苔在临床上虽然比较少见，但中医认为病人出现此苔，一定病期较长，病性比较复杂严重。
现代医学认为，黑苔的出现，应根据疾病的病因，来分析产生的原理。常见的有以下几种因素：
第一，感染高热。很多病人在发热过程中出现黑苔，有的人在高热退后，黑苔也消退，但至第二次发热时，黑苔又重复出现，证明发热与黑苔的出现有一定的关系。此外，黑苔与发热时间的长短也有关系，在上述病例中，最短的发热4天后就出现黑苔，最长的发热80天后方才出现黑苔。大部分病例在发热2周后，出现黑苔，平均为20天左右，可见发热时间越长，出现黑苔的可能性越大。
在出现黑苔的患者中，有一半病例是各种炎症感染所引起，包括肺炎、肾盂肾炎、坏疽性阑尾炎、腹膜炎、胆囊炎、下肢静脉炎、化脓性骨髓炎、盆腔炎及败血症等。由于感染高热、毒素刺激等因素均可使舌丝状乳头增生过长，再加上微生物的染色而成黑色，出现黑苔所特有的棕黑色角化细胞，使舌苔干黄焦黑。
第二，中枢神经系统功能失调。由于精神紧张引起中枢神经系统功能失调，而出现黑毛苔的病例常可遇见，这是因为中枢神经系统功能失调时，可引起口腔内酸度增加，有利于产色霉菌的生长而出现黑苔。例如，曾经有一个患者因为食管有吞咽阻塞、不适而去医院作食管钡剂造影，发现食管壁上有一个小结节，怀疑为食管癌，因而精神不振、情绪抑郁，思想负担很重，饭也吃不下，觉也睡不着，不久舌上出现毛刷样黑色舌苔。但以后又经再次食管钡剂造影及摄片，并经各科医生会诊，否定了食管癌的诊断，此人精神恢复正常状态，并未应用任何药物治疗，黑毛苔便逐渐消退。
第三，胃肠功能紊乱。胃肠功能紊乱可能是机体中毒的症状之一。由于细菌毒素的刺激使胃肠功能失调，进而导致口腔唾液pH值降低，增加了舌细胞间的粘着力，使丝状乳头角质突起延长，容易被微生物染成黑色，形成黑苔。根据临床观察，约有一半以上的黑苔患者伴有恶心、腹胀、便秘、胃口不好等胃肠道症状，经药物治疗，如大便得畅而里热退后，黑苔也随之消退；黑苔消退之后，食欲也随之好转。这些胃肠功能紊乱的症状，大多见于高热患者。
第四，霉菌感染。人的口腔里（包括舌苔上），滋生有各式各样的细菌、霉菌等微生物。一般情况下，它们互相制约、互相促进，保持着一定的平衡状态，对人的健康也没有什么妨碍，也不会使舌苔表现出多彩颜色。如果因为治疗疾病的需要，应用了大量广谱抗生素，那么这些微生物的平衡状态就会被打破。一些对抗生素比较敏感的细菌被杀灭，而相对不怕这些抗生素的霉菌却乘机大量增殖。由于霉菌大都会产生各种颜色，因而就可在舌头上出现从棕色到黑色的各种苔色。
第五，重危病人。某些慢性病内脏衰竭，如肝硬化晚期肝功能严重损害、慢性肾功能衰竭尿毒症、各种晚期癌症体质极度衰弱等症状患者，容易出现黑苔。